RNA-seq : Analyse statistique

RNA-seq : Analyse statistique

MOTS-CLEFS : NGS, RNA-seq, bio-informatique, R, données ‘omiques.


PRÉREQUIS : être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R.


OBJECTIFS :

Le module RNA-seq : Analyse statistique vise à vous initier aux traitements statistiques de données RNA-seq les plus courants après vous avoir donné une overview des potentialités de cette technologie.


PUBLIC CIBLÉ :

Ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires (master, …) des secteurs académique ou privé.


DATE ET LIEU :

6 et 7 février 2020 ; 9h00-17h30 ; pause déjeuner 13h00-14h00.

Agrocampus Ouest, 65 rue de saint Brieuc, Rennes.


PÉDAGOGIE :

La formation se veut équilibrée entre théorie et pratique, la pratique se faisant via l’analyse d’un jeu de données RNAseq réel à 2 facteurs et 2 modalités par facteur.


FORMATEURS : Andréa Rau, Yuna Blum et Sandrine Lagarrigue.


TARIFS ET INSCRIPTION :

Cliquez ici pour connaître les tarifs et vous inscrire.

Tarifs préférentiels par rapport aux tarifs affichés selon convention (certaines Ecoles doctorales et centres INRA).


PROGRAMME :

1. Overview des différentes utilisations et questions de recherche liées aux données de RNA-seq :

  • Identification de nouveaux gènes/isoformes,
  • Détection de polymorphisme,
  • Analyse du polymorphisme conjointement à l’expression (editing, ASE, empreinte),
  • Analyse de l’expression (focus du présent module).


2. Plan d’expériences


3. Exploration des données :

  • Expression brutes,
  • Normalisation RPKM et TPM.


4. Quels sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions analysées ?

  • Normalisation,
  • Analyse différentielle (EdgeR, DEseq2),
  • Filtre des gènes dits non exprimés (HTSfilter),
  • Correction pour les tests multiples.

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