Interprétation de listes de gènes et réseaux de gènes

Interprétation de listes de gènes et réseaux de gènes

MOTS-CLEFS : Gene networks, RNA-seq, statistiques, R, données ‘omiques.


PRÉREQUIS : être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R.


OBJECTIFS :

Le module Interprétation de listes de gènes et réseaux de gènes vise à vous initier aux concepts et outils permettant de mieux interpréter biologiquement des listes d’intérêt de gènes, en particulier via l’utilisation d’annotations fonctionnelles et l’étude de réseaux de gènes.


PUBLIC CIBLÉ :

Ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires (master, …) des secteurs académique ou privé.


DATE ET LIEU :

10 et 11 février 2020 ; 9h00-17h30 ; pause déjeuner 13h00-14h00.

Agrocampus Ouest, 65 rue de saint Brieuc, Rennes.


PÉDAGOGIE :

La formation se veut équilibrée entre théorie et pratique, la pratique se faisant via l’analyse de données réelles.


FORMATEUR : Yuna Blum et Sandrine Lagarrigue.


TARIFS ET INSCRIPTION :

Cliquez ici pour connaître les tarifs et vous inscrire.

Tarifs préférentiels par rapport aux tarifs affichés selon convention (certaines Ecoles doctorales et centres INRA).


PROGRAMME :

1. Les bases d’annotations fonctionnelles :

  • GO,
  • KEGG,


2.Interprétation biologique d’une liste de gènes :

  • Méthode par test d’enrichissement sous R, David et String,
  • Méthode GSEA sous R et interface GSEA.


3. Réseau de gènes : Méthodes utilisant les corrélations brutes :

  • Méthode et package WGCNA.


4. Réseaux de gènes - méthodes utilisant les corrélations partielles :

  • Corrélations partielles et modèles graphiques gaussiens.


5. Réseaux de gènes - outils de visualisation :

  • Outils sous R,
  • Cytoscape.

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