Microarrays : Analyse statistique

Microarrays : Analyse statistique

MOTS-CLEFS : Microarrays, statistiques, R, données ‘omiques.


PRÉREQUIS : être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R.


OBJECTIFS :

Le module Microarrays : Analyse statistiqueq vise à vous initier aux traitements statistiques les plus courants de données d’expression associées aux microarrays.


PUBLIC CIBLÉ :

Ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires (master, …) des secteurs académique ou privé.


DATE ET LIEU :

5 et 6 mars 2020 ; 9h00-17h30 ; pause déjeuner 13h00-14h00.

Agrocampus Ouest, 65 rue de saint Brieuc, Rennes.


PÉDAGOGIE :

La formation se veut équilibrée entre théorie et pratique, la pratique se faisant via l’analyse d’un jeu de données microarrays réel à 2 facteurs et 2 modalités par facteur.


FORMATEUR : David Causeur et Sandrine Lagarrigue.


TARIFS ET INSCRIPTION :

Cliquez ici pour connaître les tarifs et vous inscrire.

Tarifs préférentiels par rapport aux tarifs affichés selon convention (certaines Ecoles doctorales et centres INRA).


PROGRAMME :

1. Exploration et pré-traitement des données Microarray :

  • Origine des données et caractéristiques,
  • Importation du jeu de données de microarray,
  • Recherches d’individus ou sondes « aberrants »,
  • Sélection de gènes dits exprimés.


2. Quels sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions analysées ?

  • Package Limma,
  • Analyse de variance,
  • Correction pour les tests multiples.


3. Y-a-t-il des groupes de gènes ou d’individus présentant des profils similaires ?

  • Classification ascendante hiérarchique.

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